Alita, tanımadığı bir gelecekte hafızasını kaybetmiş bir şekilde uyanır. Ido isimli şefkatli bir doktor onu yanına alır ve Alita’yı gizemli geçmişinden korumaya çalışır. Bu sırada şehri yöneten tehlikeli ve yozlaşmış güçler Alita’nın peşine düşer. Alita, bu surada eşi benzeri görülmemiş dövüş yeteneklerine sahip olduğunu keşfeder. Kimlik arayışı için çıktığı bu yolda, ailesinin ve dünyasının korunması için kilit rol oynayacağından habersizdir.