Batgirl, Robin ve Batman, Ninja Kaplumbağaların baş düşmanı olan ölümcül Shredder karşısında tek vücut olurlar. Hep birlikte bu amansız düşmana karşı mücadele edecek olan ekip, düşmanın hedefe ulaşmasına engel olmak isterken Ninja Kaplumbağalar ile birlikte hareket ederek oluşabilecek büyük yıkımı engellemeye çalışacaklardır.