Alex, Marty, Melman, Gloria, Kral Julien, Maurice hatta penguenler ile şempanzeler, hep birlikte Madagaskar’da bir adadırlar. Ortada aşmaları gereken bir sorun vardır ve bunun için çare arayışına girerler. Uçak tamirine başlayan penguenler, uçağa binince havada fazla kalamayacaklarını anladıklarında Afrika’da kendilerine benzeyen başka hayvanlarla bir arada kalmak zorunda olduklarını anlarlar.