Ash, Pikachu ve diğer pokemon ekibi, dünyanın su başkenti olan Alto Mare’nin kanallarında saklanan bir grup hırsızı durdurmaya çalışmaktadır. Diğer yandan ekibe, değerli bir hazinenin koruyucusu olan Latias ve Latios adında iki kardeş pokemon daha katılır.