Scooby ve arkadaşları Fantom Virüsünü yakalamaya çalışırken kaza eseri kendilerini önceki maceralarından uyarlanmış bir bilgisayar oyununun içinde bulurlar. Oyunun zorlu on bölümü boyunca Fantom Virüsü'nün peşinde koşarken, Scooby ve çetesi tarih öncesi zamanlardan uzay çağına bir gezintiye çıkıp ayrıca eski maceralarında yenilgiye uğrattıkları tüyler ürperten canavarlarla tekrar uğraşmak zorunda kalırlar.