Varisinin hayatını kurtardıktan sonra Arashikage adlı eski bir Japon klanına kabul edilen inatçı ve yalnız bir kişi olan Snake Eyes, Japonya’ya gittiğinde bir yandan ninja savaşçısı olma eğitimi alırken bir yandan da hep özlemini çektiği yuva kurma umudunu taşır. Kendisine Japonya’da yeni bir hayat kuran Snake Eyes’ın dünyası geçmişinden gelen sırların gün yüzüne çıkmasıyla alt üst olur.