Makineler tarafından işgal edilmekten kurtarılmış, insanların elinde kalan son bölge Zion’un yeri saptanmak üzeredir. Ajanlar ve makinelerin elinden kurtulmayı başaran seçilmiş kişi Neo ise tehlike altında olan Zeon’u kurtarmak üzere mücadele ederken ne kadar önemli bir misyona sahip olduğunu keşfeder.