Makineler Zion'a ulaşmak üzereyken Ajan Smith kendi bağımsızlığını ilan ederek hem insanları hem de makineleri karşısına almıştır. Neo'nun tek düşmanı insanlığın sonunu hazırlayan makineler değildir. Ajan Smith, her iki tarafı da tehdit etmektedir. Ancak bir sorun vardır. Neo, araf adındaki bir yerde hapsolmuş durumdadır. Öncelikle buradan kurtulmalı, sonra da herkesin kendisinden beklediği üzere önemli biri olduğunu tüm dünyaya göstermelidir.