Hapishaneden kaçan Shredder dünyayı ele geçirmek için çılgın bilimadamı Baxter Stockman ve iki ahmak fedai Bebop ile Rocksteady ile elele verir. Kaplumbağalarımız, maskeli kahraman Casey Jones ve gazeteci April'ın yardımıyla kötü ekibi alt etmeye çalışırken bu kez de Shredder ile benzer amaçları güden ancak ondan çok daha güçlü olan Krang’le karşılaşırlar.